Gründe:

Die Beschwerde hat zum Teil Erfolg.

1. Sie ist hinsichtlich der Einkommensteuer 2001 mit der Maßgabe begründet, dass die Vorentscheidung in entsprechender Anwendung des § 127 der Finanzgerichtsordnung ( FGO ) aufzuheben und die Sache an das Finanzgericht (FG) zurückzuverweisen ist.

Das Urteil des FG ist in entsprechender Anwendung des § 127 FGO deshalb aufzuheben und die Sache zurückzuverweisen, weil der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) im Verlaufe des Nichtzulassungsbeschwerdeverfahrens am 9. Februar 2007 einen Änderungsbescheid erlassen hat, der gemäß § 68 Abs. 1 Satz 1 FGO Verfahrensgegenstand geworden ist. Dies gilt zumindest dann, wenn --wie im Streitfall-- in einem Verfahren über eine zulässige, aber unbegründete Nichtzulassungsbeschwerde ein Änderungsbescheid zu Lasten des Steuerpflichtigen ergeht (z.B. Beschluss des Bundesfinanzhofs --BFH-- vom 29. Oktober 2004 XI B 213/02, BFH/NV 2005, 566 ). Es kommt nicht darauf an, ob gegen die hierdurch bewirkte Verböserung nur rechtliche Einwendungen möglich sind; denn diese Beurteilung kann im Verfahren über die Nichtzulassungsbeschwerde nicht vorgenommen werden (z.B. BFH-Beschluss vom 18. Dezember 2003 II B 31/00, BFHE 204, 35 , BStBl II 2004, 237 , m.w.N.).

2. Im Übrigen (Streitjahre 1996 bis 2000) ist die Beschwerde unbegründet. Die Voraussetzungen für eine Zulassung der Revision gemäß § 115 Abs. 2 FGO sind nicht gegeben.

a) Die Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) machen zu Unrecht als Verfahrensmangel i.S. von § 115 Abs. 2 Nr. 3 FGO geltend, das FG habe seiner Entscheidung nicht das Gesamtergebnis des Verfahrens zugrunde gelegt (Verletzung von § 96 Abs. 1 FGO ). Nach seinen mit Verfahrensrügen nicht angegriffenen und damit den Senat bindenden Feststellungen (vgl. § 118 Abs. 2 FGO ) enthielt der in den Unterlagen der Kläger aufgefundene Mietvertrag --im Gegensatz zu dem beim FA eingereichten Exemplar-- keine die Nebenkosten betreffende Verpflichtung. Der hieraus gezogene Schluss des FG, eine Nebenkostenvereinbarung sei erst nachträglich getroffen worden, ist zumindest möglich und bindet damit ebenfalls den Senat.

b) Bei der als Verfahrensmangel gerügten unzureichenden Sachverhaltsaufklärung (§ 115 Abs. 2 Nr. 3 i.V.m. § 76 Abs. 1 FGO ) fehlt es an der hinreichenden Darlegung, weshalb sich dem FG auf der Grundlage seines materiell-rechtlichen Standpunktes eine weitere Sachverhaltsaufklärung auch ohne entsprechenden Antrag hätte aufdrängen müssen (z.B. BFH-Beschluss vom 28. Juli 2004 IX B 136/03, BFH/NV 2005, 43 , m.w.N.). Das FG hat die Üblichkeit des vereinbarten Mietzinses lediglich als zweifelhaft angesehen, ohne diesem Gesichtspunkt im Rahmen seiner für den Fremdvergleich erforderlichen Gesamtwürdigung Bedeutung beizumessen (Bl. 15 f. FG-Urteil).

c) Die Zulassung der Revision wegen grundsätzlicher Bedeutung der Rechtssache (§ 115 Abs. 2 Nr. 1 FGO ) kommt schon deshalb nicht in Betracht, weil die Kläger diesen Zulassungsgrund nicht hinreichend dargelegt haben. Es fehlt an Ausführungen, inwiefern die von ihnen in der Beschwerdebegründung aufgeworfenen Fragen in Rechtsprechung und/oder Schrifttum umstritten sind und deshalb eine höchstrichterliche Klärung über die materiell-rechtliche Beurteilung des Streitfalles hinaus für die Allgemeinheit Bedeutung hat (vgl. z.B. BFH-Beschluss vom 13. Januar 2006 II B 55/05, BFH/NV 2006, 978 , m.w.N.).

3. Da die Vorentscheidung hinsichtlich der Einkommensteuer 2001 aufgehoben worden ist, geht der Antrag des FA auf Berichtigung des Urteilstenors ins Leere. Der Senat weist im Übrigen darauf hin, dass die Voraussetzungen für eine Berichtigung nach § 107 FGO nicht vorgelegen haben; denn der Tenor des Urteils der Vorinstanz war nicht (offenbar) unrichtig. Das FG hatte keine Kenntnis von dem zwischenzeitlich ergangenen Änderungsbescheid.

4. Die Übertragung der Kostenentscheidung hinsichtlich des Streitjahres 2001 beruht auf § 143 Abs. 2 FGO . Soweit die Beschwerde zurückgewiesen wurde, haben die Kläger gemäß § 135 Abs. 2 FGO die Kosten des Beschwerdeverfahrens zu tragen (vgl. dazu BFH-Beschluss vom 26. März 2003 VI B 151/01, BFH/NV 2003, 1068 ).