Entscheidungsgründe:

I. Nach Auffassung des Berufungsgerichts ist die Beklagte der Klägerin dem Grunde nach wegen schuldhafter Verletzung der privatrechtlich begründeten Pflicht zur schonenden Behandlung der Baumwurzeln zum Schadensersatz verpflichtet (§§ 282 , 280 , 278 , 241 Abs. 2 , 249 BGB ). Die Beklagte schulde jedoch nicht Ersatz für eine von der Klägerin geltend gemachte Wertminderung der beschädigten Bäume, weil diese rechtlich nicht selbständige, sondern wesentliche Bestandteile des Grundstücks seien. Nur wenn die Beschädigung der Bäume zu einer Wertminderung des Grundstücks geführt habe - was hier nicht der Fall sei -, könne wegen dieses Schadens Ersatz verlangt werden. Ein Schadensersatzanspruch lasse sich auch nicht mit der sog. "Methode Koch" begründen. Diese Berechnungsmethode, mit der der Sachwert von Gehölzen ermittelt und dieser als Wertanteil des Grundstücks verstanden werde, sei nämlich nur geeignet, bei einer Totalzerstörung von Gehölzen einen nach Anpflanzung junger Ersatzbäume verbleibenden Minderwert des Grundstücks zu bestimmen. Für den hier vorliegenden Fall einer Teilschädigung von Bäumen sei sie weder gedacht noch aussagekräftig. Zukünftig eventuell noch eintretende, auf die Kappung der Wurzeln zurückzuführende Vermögensschäden seien vom Feststellungsausspruch des Urteils erfasst, begründeten aber derzeit keine Wertminderung.

Diese Erwägungen halten einer revisionsrechtlichen Überprüfung im Ergebnis stand.

II. Die durch den Einzelrichter wegen Grundsätzlichkeit zugelassene Revision ist zulässig und führt nicht wegen Verstoßes gegen Art. 101 Abs. 1 Satz 2 GG zur Aufhebung des Berufungsurteils. Anders als bei Beschlüssen im Beschwerdeverfahren, in denen der Einzelrichter die Rechtsbeschwerde wegen Grundsätzlichkeit zugelassen hat (vgl. BGH, Beschl. v. 13. März 2003, IX ZB 134/02, NJW 2003, 1254 , 1255), war hier der Einzelrichter im Berufungsverfahren der zur Entscheidung gesetzlich zuständige Richter. Er ist durch den Übertragungsbeschluss des Kollegiums zur Entscheidung über die Berufung und die Zulassung der Revision befugt, auch wenn das Kollegium die grundsätzliche Bedeutung der Sache von ihm abweichend beurteilt hat (BGH, Urt. v. 16. Juli 2003, VIII ZR 286/02, NJW 2300, 2900, 2901). Ob etwas anderes dann zu gelten hat, wenn es der Einzelrichter entgegen § 526 Abs. 2 Nr. 1 ZPO unterlassen hat, den Rechtsstreit dem Kollegium vorzulegen, braucht nicht entschieden zu werden. Eine wesentliche Änderung der Prozesslage im Sinne dieser Vorschrift ist nicht eingetreten.

III. Die Revision bleibt aber in der Sache ohne Erfolg.

1. Da das Berufungsgericht die Revision zulässigerweise nur wegen der Frage zugelassen hat, ob der Klägerin auch ein durch die Beschädigung der Walnussbäume entstandener Minderwert zu ersetzen ist, steht rechtskräftig fest, dass die Beklagte der Klägerin den aus der Kappung der Wurzeln der Bäume entstandenen und noch entstehenden Schaden und in diesem Rahmen auch den Aufwand zu ersetzen hat, der durch die getroffenen Erhaltungsmaßnahmen entstanden ist. Einen Anspruch der Klägerin auf Ersatz der allein noch streitigen Wertminderung durch die Kappung der Wurzeln der Bäume hat das Berufungsgericht zu Recht verneint.

2. Ein Anspruch auf Ersatz des Minderwerts der Bäume steht der Klägerin nicht zu.

a) Ein Baum wird nach § 94 Abs. 1 Satz 2 BGB mit dem Einpflanzen wesentlicher Bestandteil des Grundstücks. Er kann deshalb gemäß § 93 BGB nicht Gegenstand eigener Rechte sein. Daraus folgt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichtshofs, dass ein Baum, von dem hier nicht gegebenen Sonderfall der zum Verkauf bestimmten Bäume (OLG Hamm NJW-RR 1992, 1438 , 1439; OLG München VersR 1995, 843 , 844; Bamberger/Roth/Grüneberg, BGB , § 249 Rdn. 26) abgesehen, auch kein eigenständiges schädigungsfähiges Rechtsgut darstellt, seine Beschädigung vielmehr nur als Schädigung des Grundstücks eine Ersatzverpflichtung auslöst (Senat, BGHZ 143, 1, 6; BGH, Urt. v. 24. Januar 1963, III ZR 149/61, NJW 1963, 906, 907; Urt. v. 13. Mai 1975, VI ZR 85/74, NJW 1975, 2061; Beschl. v. 7. März 1989, VI ZR 147/88, NuR 1991, 94). Diese Rechtsprechung hat nahezu einhellige Zustimmung gefunden (OLG Celle NJW 1983, 2391; OLG Düsseldorf AgrarR 1993, 119; NJW-RR 1997, 856; OLG München VersR 1995, 843 , 844; OLG Köln NZM 2000, 108, 109; KG NJW-RR 2000, 160, 161; AnwK-BGB/Magnus, § 249 Rdn. 66; Bamberger/Roth/Grüneberg, BGB , § 249 Rdn. 26; Erman/Kuckuk, BGB , 11. Aufl., § 249 Rdn. 25; Palandt/Heinrichs, BGB , 65. Aufl., § 251 Rdn. 11; Soergel/Mertens, BGB , 12. Aufl., § 249 Rdn. 119; Staudinger/Schiemann, BGB [2004], § 251 Rdn. 89; Stollenwerk, NZM 2000, 958; a. M.: Kappus, VersR 1984, 1021, 1023) und wird auch von Koch (NJW 1979, 2601) und der von ihm entwickelten Berechnungsmethode nicht in Frage gestellt (vgl. Hötzel, AgrarR 1997, 369, 372; Breloer, AgrarR 2005, 116, 117).

b) Daran haben entgegen der Ansicht der Revision weder die Einfügung des Art. 20a in das Grundgesetz noch § 16 Abs. 1 UmweltHG etwas geändert.

aa) Nach Art. 20a GG schützt der Staat zwar die natürlichen Lebensgrundlagen. Dies geschieht aber im Rahmen der verfassungsmäßigen Ordnung durch Gesetzgebung und nach Maßgabe von Gesetz und Recht durch die vollziehende Gewalt und die Rechtsprechung. In diesem Rahmen kann die Erhaltung der natürlichen Lebensgrundlagen als Staatsziel bei der Auslegung von Rechtsvorschriften zu berücksichtigen sein (BVerwG NVwZ 1998, 398 , 399; NVwZ-RR 2003, 171 ; Dreier/Schulze-Fielitz, GG , Art 20a Rdn. 64; Epiney in v. Mangoldt/Klein/Starck, GG , 4. Aufl., Art. 20 a Rdn. 53; Hömig in Seibert/Hömig, GG , 7. Aufl., Art. 20a Rdn. 6; Murswiek in Sachs, GG , 3. Aufl., Art. 20a Rdn. 61). Dies gilt grundsätzlich auch im Zivilrecht (Jarass in Jarass/Pieroth, GG , 7. Aufl., Art. 20a Rdn. 21). Die Möglichkeit einer solchen Auslegung besteht hier aber nicht. Die Vorschriften der §§ 94 Abs. 1 Satz 2, 93 BGB ordnen die Bäume, die keine Scheinbestandteile sind, dem Grundstückseigentum zu. Über solche eindeutigen Vorgaben des Gesetzgebers können sich die Gerichte auch im Anwendungsbereich des Art. 20a GG nicht hinwegsetzen (vgl. BFH BFHE 184, 226 , 231; Dreier/Schulze-Fielitz, aaO., Art 20a Rdn. 61 u. 63; Epiney, Hömig und Jarass jeweils aaO.). Es ist zudem auch nicht erkennbar, weshalb Art. 20a GG einer Zuordnung von Bäumen zum Grundstückseigentum inhaltlich entgegenstehen könnte.

bb) § 16 Abs. 1 UmweltHG bestimmt, ähnlich wie § 251 Abs. 2 Satz 2 BGB , nur, dass die nach §§ 1 , 2 UmweltHG zu ersetzenden Kosten für eine tatsächlich erfolgte Vollwiederherstellung beschädigter Natur und Landschaft nicht allein deshalb im Sinne von § 251 Abs. 2 Satz 1 BGB unverhältnismäßig sind, weil sie den Wert der Sache übersteigen. Ob diese Vorschrift auf andere Ersatzansprüche wegen beschädigter Natur und Landschaft entsprechend anzuwenden ist (dazu: Salje in Salje/Peter, UmweltHG , § 16 Rdn. 15; Staudinger/Kohler, BGB [UmweltHR 2002], § 16 UmweltHG Rdn. 5), braucht hier nicht entschieden zu werden. Für die Anwendung der Vorschrift ist es gleichgültig, ob sich die Haftung nach §§ 1 , 2 UmweltHG für eine Beschädigung von Natur und Landschaft rechtlich aus der Beschädigung eines Grundstücks oder einer beweglichen Sache ergibt. Deshalb lassen sich ihr auch keine Erkenntnisse darüber entnehmen, ob die Beschädigung eines Baumes die Verletzung eines eigenständigen Rechtsguts oder eine Beschädigung des Grundstücks darstellt.

3. Ein Anspruch der Klägerin auf Ersatz einer Minderung des Werts ihres Grundstücks scheidet ebenfalls aus.

a) Eine Minderung des Verkehrswerts des Grundstücks der Klägerin durch die Kappung der Starkwurzeln der beiden Walnussbäume hat das Berufungsgericht, sachverständig beraten, ausgeschlossen. Diese Feststellung ist revisionsrechtlich nur eingeschränkt überprüfbar und in diesem Rahmen nicht zu beanstanden. Das Berufungsgericht durfte davon ausgehen, dass der Verkehrswert eines bebaubaren Grundstücks regelmäßig entscheidend durch die Lage und das Ausmaß der vorhandenen oder zulässigen Bebauung und nicht durch seinen Bewuchs bestimmt wird. Das kann zwar, je nach Art und Umfang des Bewuchses oder angesichts seiner Funktion für das Grundstück, das ist der Revision einzuräumen, im Einzelfall anders sein (BGHZ 119, 62 , 67 f.). Voraussetzung dafür ist aber, dass der Bewuchs die Eigenart des Grundstücks in besonderer Weise prägt und das Bebauungsinteresse des durchschnittlichen Erwerbsinteressenten in seiner Bedeutung zurücktreten lässt. Dass und aus welchen Gründen das hier der Fall sein soll, hat die Klägerin nicht dargelegt.

b) Das Berufungsgericht hat eine Minderung des Grundstückswerts aus anderen Gründen ebenfalls verneint. Auch das ist im Ergebnis nicht zu beanstanden.

aa) Die Beschädigung eines Baums kann nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtshofs auch dann zu einer Wertminderung des Grundstücks führen, wenn sich sein Verkaufswert hierdurch nicht verändert hat (Senat, BGHZ 143, 1, 9; BGH, Beschl. v. 7. März 1989, VI ZR 147/88, NuR 1991, 94 f.). Im Rahmen des Schadensersatzes ist dem Interesse des Geschädigten an der Wiederherstellung des früheren Zustands seines Grundstücks so weit, wie dem Ersatzpflichtigen zumutbar, Rechnung zu tragen und deshalb neben einem Ersatz für die Kosten einer Teilwiederherstellung ein Ausgleich für den verbleibenden Minderwert des Grundstücks zu leisten (BGH, Beschl. v. 7. März 1989, aaO.). Dies hat der Bundesgerichtshof bislang ausdrücklich nur für den Fall entschieden, dass ein Baum auf einem Grundstück vollständig zerstört worden ist. Auch der Teilschaden eines Baumes ohne Totalverlust kann indes nach der von Koch für die Berechnung einer Wertminderung des Grundstücks entwickelten und von dem Bundesgerichtshof grundsätzlich auch anerkannten Berechnungsmethode zu einer dauerhaften Wertminderung des Grundstücks führen (Koch, VersR 1990, 573, 588 Nr. 40 und 589 Nr. 42; Breloer, AgrarR 2005, 116, 118; dies., Der Sachverständige [DS] 2005, 217, 218). Ob sie dem Geschädigten auch bei einem Teilschaden zu ersetzen ist, ist umstritten (dafür: OLG Düsseldorf VersR 1992, 458 f.; AgrarR 1993, 119 f.; Erman/Kuckuk, aaO., § 249 Rdn. 27; Soergel/Mertens, aaO., § 249 Rdn. 120; dagegen: OLG München VersR 1995, 843 , 844; OLG Köln NZM 2000, 108 f.; LG Berlin VersR 1980, 1053 f.; LG Bielefeld NJW-RR 1992, 26 f.; Palandt/Heinrichs, aaO., § 251 Rdn. 11; Staudinger/Schiemann, aaO., § 251 Rdn. 91 f.) und von dem Bundesgerichtshof bislang nicht entschieden worden. Die Frage bedarf auch jetzt keiner Entscheidung.

bb) Eine Beeinträchtigung der Bäume, aus der eine solche Wertminderung des Grundstücks abgeleitet werden könnte, liegt hier nach den Feststellungen des Berufungsgerichts nicht vor.

(a) Ansatzpunkt für die Ermittlung eines Minderwerts des Grundstücks kann nach der von Koch begründeten Methode der Verlust wesentlicher Funktionen des beschädigten Baumes für das Grundstück etwa durch Kronenauslichtung, Verkrüppelung oder Verunstaltung sein (BGH, Urt. v. 13. Mai 1975, VI ZR 85/74, NJW 1975, 2061, 2062; OLG Düsseldorf VersR 1992, 458; AgrarR 1993, 119, 120; LG Berlin VersR 1980, 1053 ; Koch, Aktualisierte Gehölzwerttabellen, 3. Aufl., S. 55; Breloer, AgrarR 2005, 116, 117). Eine solche Funktionsbeeinträchtigung ist hier nicht gegeben. Nach den von der Revision nicht angegriffenen Feststellungen des Berufungsgerichts hat die Kappung des Wurzelwerks nicht zu äußerlich sichtbaren Veränderungen am Erscheinungsbild oder Einbußen an Vitalität oder Funktion der Bäume für die Grundstücke der Klägerin geführt.

(b) Die Kappung des Wurzelwerks bewirkt allerdings einen erhöhten Pflegeaufwand. Dieser kann zwar eine Wertminderung des Grundstücks begründen (OLG Düsseldorf VersR 1992, 458 f.; AgrarR 1993, 119, 120; Staudinger/Schiemann, aaO., § 251 Rdn. 92; Breloer, AgrarR 2005, 116, 117). Hier scheidet seine Berücksichtigung unter dem Gesichtspunkt einer Wertminderung des Grundstücks aber aus, weil die Beklagte bereits rechtskräftig dazu verurteilt worden ist, der Klägerin diesen Aufwand zu ersetzen.

(c) Für das Revisionsverfahren ist schließlich davon auszugehen, dass die Restlebensdauer der Bäume infolge der Wurzelkappung von 70 bis 80 Jahren auf 20 bis 40 Jahre gesunken ist. Sie kommt als Anknüpfungspunkt einer Wertminderung des Grundstücks indes ebenfalls nicht in Betracht.

(aa) Die Verkürzung der Restlebensdauer eines Baumes führt dazu, dass der geschädigte Grundstückseigentümer früher als bei normalem Verlauf vor der Notwendigkeit steht, den Baum durch einen jungen zu ersetzen. Der alte Baum kann damit nur für einen geringeren Zeitraum in seiner Funktion für das Grundstück genutzt werden. Ersatz eines solchen Nutzungsausfalls kommt nur bei Sachen in Betracht, auf deren ständige Verfügbarkeit die eigenwirtschaftliche Lebenshaltung typischerweise angewiesen ist (BGHZ 98, 212 , 222). Das ist bei dem Ausfall von Bäumen nicht der Fall (Breloer, DS 2005, 217, 218).

(bb) Die Kosten der Anpflanzung eines jüngeren Baumes, die bei Absterben des alten Baums notwendig werden, und die danach verbleibende Wertminderung des Grundstücks durch den vollständigen Verlust des alten Baums sind allerdings beschädigungsbedingte Nachteile, die dem Geschädigten zu ersetzen sind (BGHZ 119, 62 , 65; 143, 1, 9 [Senat]; BGH, Urt. v. 13. Mai 1975, VI ZR 85/74, NJW 1975, 2061, 2062; OLG Celle NJW 1983, 2391 f.; OLG Karlsruhe VersR 1989, 967 , 968; AnwK-BGB/Magnus, aaO., § 249 Rdn. 66; Bamberger/Roth/Grüneberg, aaO., § 249 Rdn. 26; Erman/Kuckuk, aaO., § 249 Rdn. 26; Hötzel, AgrarR 1997, 369, 372). Sie entstehen bei einem Teilschaden an einem Baum ohne dessen Totalverlust aber nicht schon mit der Beschädigung des Baums, sondern erst, wenn sich dieses Risiko verwirklicht (a. M. OLG Düsseldorf AgrarR 1993, 119, 120). Ein solcher Schaden ist darum auch erst in diesem Zeitpunkt ersatzfähig. Die Ersatzpflicht der Beklagten für solche künftigen Schäden ist rechtskräftig festgestellt. Der Klägerin daneben noch eine Wertminderung für ein Risiko zuzusprechen, das in der Möglichkeit dieses ohnehin zu ersetzenden Schadens besteht, liefe auf eine nicht gerechtfertigte Doppelentschädigung hinaus (Tiedtke-Crede, Wertmittlungsforum 2002, 137, 139; ähnlich auch Breloer, AgrarR 2005, 116, 119). Sie scheidet deshalb aus.

III. Die Kostenentscheidung folgt aus § 97 Abs. 1 ZPO .